San Teodoro sorge sulle rovine della città di Coclearia, costruita dai romani tra i colli di Citai, Lu Casteddu. Il mare e la strada Karalibus-Oliam per Oram. La città Coclearia, che aveva il porto nella attuale località Lu Niuloni, dovette avere una certa importanza nel periodo imperiale, come testimoniarono numerosi ritrovamenti di vasellame, anfore monete e monili. Nel 235 d.C., il papa Ponziano e il prete Ippolito, esiliati nell'isola di Molara portarono la popolazione di Coclearia a contatto con il cristianesimo.
Dopo la caduta dell'impero romano d'occidente, nel 455, i vandali invadono la Sardegna, tenendola sotto il loro dominio fino a quando non vengono sconfitti dal generale bizantino Belisario e la Sardegna passa così sotto l'impero romano d'oriente. Nel 1479, dopo la conquista aragonese dell'isola e il matrimonio tra Ferdinando il cattolico e Isabella di Castiglia, si uniscono i reami della Penisola Iberica, nasce la Spagna, la Sardegna diviene Spagnola e la Gallura, smembrata, viene assegnata ai feudatari.
Nel 1720, in seguito al trattato di Londra del 1718 la Sardegna passa ai Savoia.